Zanikowe zapalenie żołądka stwierdzono również u chorych na niedokrwistość złośliwą. W tej grupie chorych występują autoprzeciwciała skierowane przeciw komórkom okładzinowym i przeciw czynnikowi wewnętrznemu. Te ostatnie powodują zablokowanie wchłaniania z pokarmu witaminy B12, a w następstwie powstanie niedokrwistości z niedoboru witaminy B12, znanej jako niedokrwistość złośliwa. Związek przyczynowy zmian immunologicznych i przewlekłego zanikowego zapalenia żołądka, współistniejącego z niedokrwistością złośliwą, jest wysoce prawdopodobny, lecz ostatecznie nie udowodniony. Przeciwciała przeciw komórkom okładzinowym wykryto u 80—90% chorych na niedokrwistość złośliwą, a przeciwko czynnikowi wewnętrznemu tylko u 50—75% chorych. Dlatego nie można wykluczyć, że w pewnej grupie chorych zmiany zanikowe błony śluzowej są pierwotne i powstają z przyczyn nie znanych, natomiast zmiany humoralne i komórkowe są reakcjami wtórnymi na uszkodzenie komórek błony śluzowej żołądka. Jednym z istotnych następstw niedokrwistości złośliwej jest wysokie zagrożenie chorych rakiem żołądka. U około 10% chorych rozwija się rak żołądka, a zatem od 3 do 4 razy częściej niż u osób w tym samym wieku. Również przewlekłe zanikowe zapalenie bez niedokrwistości złośliwej podwyższa zagrożenie rakiem żołądka. W związku z tymi faktami przedstawiono hipotezę, że hipochlorhydria lub achlorhydria imienia środowisko żołądka, które umożliwia wzrost bakterii oraz podwyższa w soku żołądkowym stężenie związków azotowych.